25-boyutlu genetik uzay: popülasyonların tam matematiksel konumu. Kendi koordinatlarınızı yapıştırıp Türk halklarıyla mesafe hesaplayın, ata karışımını modelleyin.
G25 Nedir?
Global25 (G25), Eurogenes blog'u tarafından geliştirilen ve 2018'den bu yana popülasyon genetiği topluluğunun standart aracı haline gelen bir sistemdir. Dünya popülasyonlarının 1.2 milyon SNP'lik genom çapında verileri bir PCA (Principal Component Analysis) ile 25 temel bileşene indirgenir. Her popülasyon veya birey bu 25-boyutlu uzayda tek bir nokta olarak temsil edilir.
G25 neden önemli? ADMIXTURE sonuçları (%40 Avrupa + %30 Doğu Asya...) sadece bir yorumlama katmanıdır — gerçek matematiksel konumunuzu vermez. G25 koordinatları mutlak bir referans sistemidir: popülasyonlar arası mesafeyi hesaplayabilir, karışım oranlarını modelleyebilir ve antik DNA örnekleriyle doğrudan karşılaştırma yapabilirsiniz.
G25 koordinatlarını nasıl elde edersiniz?
G25 koordinatları alabileceğiniz kaynaklar: IllustrativeDNA (~15-20€), DNAGENICS G25 Studio, ya da doğrudan Eurogenes blog'a başvuru. Bu servisler 23andMe, AncestryDNA, FTDNA veya MyHeritage gibi servislerden aldığınız ham DNA verinizi işleyerek 25 sayılık koordinat setinizi üretir.
Simülasyon 1: 25-Boyutlu Uzay Görselleştirmesi
25 boyutu aynı anda görselleştiremeyiz — bu yüzden herhangi iki boyutu seçip o düzlemde projeksiyon yapıyoruz. Her boyut farklı bir genetik eksen yakalar: PC1 Afrika/Avrasya, PC2 Doğu/Batı Avrasya, PC3+ giderek daha ince farklılıklar. Aşağıdaki araçla boyutları değiştirebilirsiniz.
X ekseni:Y ekseni:
Boyut 1 ve 2 değişikliğiyle popülasyonların 25-boyutlu uzaydaki gerçek konumları değişir. İlk iki boyut en büyük varyansı (kıtalar arası fark) yakalar.
Boyutlar bağımsız eksenlerdir — Boyut 1 Afrika/Avrasya farkını, Boyut 2 Doğu/Batı Avrasya farkını, Boyut 3-25 ise giderek daha ince genetik farkları yakalar. Anadolu Türkleri ve Türkmenler Boyut 2'de yer değiştirir — bu, Doğu Avrasya ata bileşeninin farkını gösterir.
Türk halkları koyu turkuaz, Orta Asya bronz, Sibirya pembe, Avrupa mavi, Yakın Doğu mor ile işaretlenmiştir. Antik popülasyonlar (⟐ elmas) modern grupların ata profillerini gösterir.
Bu aracın pratik kullanımı: kendi G25 koordinatlarınızı yapıştırın, referans popülasyonlara olan Öklid mesafenizi hesaplayın. En yakın 5 popülasyon ve kategori bazlı sıralama gösterilir. Veriniz yalnızca tarayıcınızda işlenir, hiçbir sunucuya gönderilmez.
G25 Koordinatlarınız (25 sayı, virgülle ayrılmış — başında isim varsa otomatik ayrıştırır):
Veri hassasiyeti: G25 koordinatlarınız yalnızca sizin tarayıcınızda hesaplanır, hiçbir sunucuya gönderilmez. Koordinat elde etmek için: Eurogenes (bazı durumlarda ücretsiz), IllustrativeDNA veya DNAGENICS gibi servisler kullanılabilir. Mesafeler Öklid formülüyle hesaplanır: d = √Σ(x_i - y_i)². Değer ne kadar küçükse o kadar yakın genetik benzerlik.
Formül: d = √Σ(x_i - y_i)². Değer ne kadar küçükse, o kadar yakın genetik akrabalık. Mesafe yorumlaması: <0.02 çok yakın, 0.02-0.05 yakın, 0.05-0.1 orta, >0.1 uzak.
Simülasyon 3: Ata Modelleme (qpAdm benzeri)
Bir hedef popülasyonun karışım modelini keşfedin: 5 kaynak popülasyonun (Anadolu Neolitik, CHG/İran, Yamnaya, Göktürk Karluk, Han Çinli) yüzdelerini slider'larla ayarlayın. Hedefe ne kadar yakın olduğunuzu görün. "Otomatik En İyi Karışım" butonu 1001 farklı kombinasyonu dener ve en iyi uyumu bulur.
Kaynak popülasyonlar: Anadolu Neolitik (Barcın çiftçisi), CHG/İran (Kafkas avcı-toplayıcı + İran Neolitik), Yamnaya (Bronz Çağı bozkır), Göktürk (Karluk) (Orta Asya Türk eliti), Han Çinli (Doğu Asya). Öklid mesafesi 0.02 altı mükemmel, 0.02-0.05 iyi, üstü zayıf uyum. Gerçek qpAdm ayrıca p-değeri ve standart hata hesaplar.
Bu basitleştirilmiş versiyonu Vahaduo veya nMonte gibi araçların sezgisel karşılığıdır. Gerçek qpAdm ayrıca p-değeri, standart hata ve "rotate" popülasyonları hesaplar.
Simülasyon 4: PCA Haritasında Konumlandırma
Koordinatlarınızı Batı Avrasya odaklı PCA haritasına yerleştirin. En yakın 3 popülasyon otomatik belirlenir. Türk halkları, Yunan, İran, Kafkas ve antik popülasyonlar arasında nerede yer aldığınızı görsel olarak inceleyin.
Haritadaki noktalara fare götürünce popülasyon adı gözükür. Siyah yıldız yüklendiğinde sizin konumunuzu gösterir.
Bu Batı Avrasya odaklı PCA (PC1×PC2). Tam 25-boyutlu uzayda mesafeler farklı olabilir — görselleştirme en büyük iki varyans eksenini gösterir. Gerçek analiz için 25-boyutlu Öklid mesafesi kullanılır (Mesafe Hesaplayıcı simülasyonu).
Noktaların üzerine geldiğinizde popülasyon adı görünür. Siyah yıldız yüklediğiniz koordinatların konumunu gösterir.
Simülasyon 5: Scaled vs Unscaled Koordinatlar
G25 verileri iki formatta sunulur: scaled (eigenvalue ile ağırlıklandırılmış — görsel yorumlama için) ve unscaled (ham PCA çıktısı — özel analizler için). Çoğu araç scaled kullanır. Bu grafik iki versiyonu yan yana karşılaştırır.
Scaled (Ağırlıklı)
Her boyut, o boyutun yakaladığı varyans miktarıyla (eigenvalue) çarpılır. İlk boyutlar (PC1, PC2) daha güçlü gözükür çünkü gerçekten daha fazla genetik varyansı temsil ederler.
PCA'nın doğrudan çıktısı — her boyut eşit ağırlıklı gibi görünür. Yüksek boyutlar (PC10-PC25) aşırı vurgulanmış olabilir.
Kullanım: Özel araştırma, matematiksel analiz, ADMIXTURE ile karşılaştırma.
Çoğu araç (VahaduoJS, nMonte, DNAGENICS G25 Studio) scaled koordinatları kullanır. Eurogenes blog'u: "Scaled koordinatlar gerçek PCA analizleriyle en iyi korelasyonu gösterir." Unscaled versiyon nadiren yorumlama değişikliği yaratır — aynı koordinat setinin iki gösterimidir.
Eurogenes Davidski: "Scaled koordinatlar ham verilerden yapılan analizlerle en iyi korelasyonu gösterir." Bu yüzden VahaduoJS, nMonte ve G25 Studio scaled kullanır.
G25 ile Popülasyon Analizi: Ne Yapabilirsiniz?
Analiz
Araç/Yöntem
Çıktı
Mesafe hesabı
VahaduoJS Distance, DNAGENICS
En yakın N popülasyon
Ata modelleme
VahaduoJS Models, nMonte, nMonte3
Kaynak popülasyon yüzdeleri + uyum mesafesi
PCA görselleştirme
Vahaduo G25 Views
2D/3D projeksiyon grafikleri
Custom hesaplayıcı
Admixture JS
Özel referans setleriyle yüzdeler
Harita gösterimi
Vahaduo Map
Coğrafi konum + genetik konum
Çizgi modelleme
LinearG25
İki nokta arasında karışım eğrisi
Türk Halkları: Tipik G25 Profilleri
Anadolu Türkleri (bölgesel farklılık):
• Batı Anadolu (Muğla, Bolu): PC2 ~0.02-0.07 — Yunan ve Bulgar'a yakın, Orta Asya bileşeni %10-15
• Doğu Anadolu (Malatya, Erzurum): PC2 ~0.12 — Ermeni ve Kürt'e yakın, daha yüksek CHG
• Karadeniz (Trabzon): PC2 ~0.12 — Güneybatı Kafkasya etkisi
• Orta Asya bileşeni tüm bölgelerde %10-25 arasında değişir
Azerbaycan Türkleri: PC2 ~0.095 — Anadolu-Ermeni-İran üçgeninde, Türk halkları arasında "batılı" uçta.
Irak Türkmenleri: PC2 ~0.115 — Antik Mezopotamya bileşeni yüksek, Türk çekirdeği Oğuz göçünden korunmuş.
Orta Asya Türk halkları (Kazak, Kırgız, Özbek): PC2 negatif (-0.07 ile -0.11 arası) — Doğu Avrasya bileşeni %30-65. Kuzeye/doğuya doğru artar.